Saling berkoordinasi dengan satuan koordinasi dalam satu wilayah kerja merupakan hal yang penting. Keadaan kerukunan umat beragama di seluruh wilayah kabupaten atau kota di provinsi Jawa Timur dikoordinasi oleh satuan koordinasi. Kabupaten Sumenep, Pamekasan, Sampang, Bangkalan, kota Surabaya, Gresik dan Sidoarjo, misalnya, merupakan satu wilayah koordinasi. Tujuh kabupaten/ kota tersebut berada dalam wilayah Badan Koordinasi Wilayah FKUB yang beralamat di Jl. Slamet Riyadi No. Pamekasan Madura.
FKUB dari tujuh kabupaten tersebut pada Senin, 16 September 2013 pada pukul 10.00 Wib sampai selesai dikumpulkan dalam satu forum yang berjudul “Rapat Koordinasi Efektivitas Lembaga FKUB”. Rakor tersebut diisi dengan presentasi dari Ketua FKUB Provinsi Jatim (H. Endro Siswono. M.Si), Bakesbang pol Pemprov Jatim, dan Dr. Syamsul Huda, MAg dari IAIN Sunan Ampel Surabaya. Usai presentasi tentang kerukunan umat beragama, kemudian digelar saling memberi informasi tentang keadaan FKUB tiap daerah.
Hadir mewakili FKUB kabupaten Sidoarjo antara lain KH Imron Rofi’I, KH Usman Bahri, Idham Kholid, S.Sos. Ainul Falah, S.HI, Dr. H Abdul Wahid Efendi, M.Ag, dan Moh Sholehuddin, M.Ag .